İki sebebi olabilir,

Cache varsa cache kaynaklı olabilir ya da o kategoriler içinde içerik yoksa kategoriler sitemap üzerinde görünmeyebilir.

Üçüncü bir seçenek, yazarken aklıma geldi Seo eklentisi üzerinden dahil etmediyseniz kategorileri, seo eklentisi üzerinden de dahil etmeyi deneyebilirsiniz.