plesk hiç kullanmadım, emin değilim ama aşağıdaki dizinleri kontrol edin. domain.vhost dosyası vardır mutlaka

/etc/nginx/sites-available/
/var/www/vhosts/domain/conf/
/usr/local/psa/admin/bin/
/usr/local/psa/admin/conf/templates/custom/

ssh locate *.conf yazarsanız listelenecektir bulunduğu dizin.