otomatik kurulumda tablo yapısını (prefix) random atıyor, veritabanı vs. her şey random (rastgele)
diğerinde ise kendin ayarlayabiliyorsun, isim vs.
nadir olsa da taşımalarda tablo yapısı önemli, genelde hostingi bilinçsiz taşıyanlarda bazı sorunlar meydana geliyor.
bunun da nedeni tablo yapısı oluyor.
tablo yapısını değiştirince, veritabanında gerekli düzenlemeleri yapınca çözülüyor.
bunun dışında fark yok.

Not: Advanced Options bu seçenek tıklanırsa otomatik atanan her şeyi kendiniz belirleyebilirsiniz. (db adı, tablo yapısı vs.)