tam olarak ne demek istediğini anlamadım ama

$dogru_deger="Aktif";
$hatali_deger="Aktif degil";

<script>
var javaOK = navigator.javaEnabled();
 
if (javaOK) document.write(''
  + '<?php echo $dogru_deger; ?>'
  + javaOK.toString().bold()
 )
  
else document.write(''
  + '<?php echo $hatali_deger; ?>'
  + javaOK.toString().bold()
 )
</script>

Js Cilent Side
Php Server Side

bir birinden farklı diller ve işlevleri vardır

js ile php ile yapılacak her şeyi yapabilirsin
ama php ile js'nin yapabildiklerini yapamazsın
php ile aldığın veriyi js içerisinde $değişken tanımlayarak echo ile yazdırabilirsin.