header.php içerisinde değişecek olan kısmı {$dinamik} şeklinde tanımlayıp http://php.net/manual/tr/function.ob-start.php ile tampon yönetimi yapıp, işin bittiğinde {$dinamik} metnini str_replace fonksiyonunu kullanarak almasını istediğin kodlar ile değiştirebilirsin.