Ben freebsd 9.2 64 bit e mysql 5.5 kurmaya çalışırken o hatayı almıştım.
size tavsiyem freebsd yi kurar kurmaz direk mysql kurun portsnap update yapmayın.
Kurulumda izlediğim adımlar şu şekilde (metin2 için)
cd /usr/ports/databases/mysql55-client
make install clean
cd /usr/ports/databases/mysql55-server
make install clean
echo 'mysql_enable="YES"' >> /etc/rc.conf
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server onestart
chown -R mysql /var/db/mysql/
chgrp -R mysql /var/db/mysql/
/usr/local/bin/mysqld_safe –user=mysql & (ELLE YAZ)
/usr/local/bin/mysqladmin -u root password 123emre123 (ELLE YAZ )
Putty Kapat Tekrar Aç
mysql -p
GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'root'@'%'
IDENTIFIED BY '123emre123.' WITH GRANT OPTION;
GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@"%" IDENTIFIED BY "123emre123";
GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'mt2'@'localhost' IDENTIFIED BY 'mt2!@#';
flush privileges;
quit
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server restart

Reboot Kurulum Tamam