<?php
$icerik = 'icerik';
file_put_contents('a.php',$icerik,FILE_APPEND);
?>bu kod tam istediğin olayı yapıyor

oradaki 3.parametre olan FILE_APPEND sabiti, varolan içeriğe sondan eklemeyi sağlıyor.Eğer 3.parametreyi silersen, direk önceki dosyayı siler yenisine yazar.
Hocam şöyle bir sorun var ekle dediğimde şöyle oluyor,
ahmet
mehmet
var diyelim,
ahmet
mehmetselim
sonuncusunun yanına koyuyor <br> bir alta nasıl atlatıcaz?