MySQL tuner ile analiz sonrasında sizlere tavsiye edeceği kaynakları listeleyecektir.
SSH üzerinden mysql tablolarınızı belirli aralıklarla optimize ederek biraz daha sağlıklı verim alabilirsiniz.
Yalnız belirttiğiniz data boyutları ve sorgular yoğun kullanıldığından ve sunucu kaynaklarınızı bilmediğimden şu şekilde öneride bulunmaktayım.