Düşük bir ihtimal , site açıldıktan sonra java ile geliyorsa alt linkler sayfa kaynağında gözükmüyor olabilir. Tarayıcıda anlık kodu da yenilediği için kodu görebilirsin.
java ne alaka? javascript demek istedin sanirim ki onun da alakasi yok. Ajax gibi bir teknoloji ile ilgilidir diye dusunmussundur ama onla da ilgisinin olacagini sanmiyorum. Bu tarz siteleri cok gordum, buyuk ihtimalle header daki eksik bilgilerden dolayi bunlar kaynaklaniyor.