ana_menu() dediğin yerde scanf ile dinliyorsun fakat orda girdiğin komutu düzgün allac edemiyorsun komut değişkenine aslında 2. kod bloğundaki while çoklu çalışıyor o yüzden hem if e hem else e giriyormuş gibi geliyor sana.

if(strcmp(komut,"yardim")!=0 && strcmp(komut,"cikis")!=0){
komut_kontrol();

şunun altına print atarsan ne demek istediğimi göreceksin.