Merhaba,
Ağ bilginiz ne derecede bilmiyorum ancak sunucu bağlantılarını dinleyerek ve access logları okuyarak dosyayı çeken ip yi tespit edip engelleme yoluna gidebilirsiniz ayrıca sunucuyu incelemekte fayda sunucuda shell script v.s olabilir bununla dosyaları rahatça alabilir.
Dilerseniz yardımcı olabilirim