while kısmına şöyle bir bakınca sorun gözükmüyor. $result içerisinde klasörlerinizin $result1 içerisinde de silex klasöründeki dosyaları görmeniz gerek.

ekran görüntüsünde olduğu gibi silex klasöründeki klasörleri görüntüleyip, altlarında o klasörlerin içeriklerini görüntületmek istiyorsanız kodlarınızdaki mevcut mantık hatalı.

recursive bir yapı kurmalı $result içine topladığınız dizinlere ilerleyip onların içeriğini opendir ile açmalı o dosyaları ayrı bir dizide taşıyıp sonra render etmeniz gerekiyor.