Hocam kaydırma yerine css kısmında düzenleme yapabilirsenizde istediğiniz gibi olur.
Büyük ihtimal popup penceresinin en dıştaki tag ın position değeri fixed verilmiştir, onu bulup absolute yaparsanız sayfayı aşağı doğru kaydırdığınız zaman popup pencere sabit kalmaz oda yukarı doğru kayar, yada popup pencereniz overflow- y değerini scroll olarak belirtebilirsiniz.