Dostum yapmak istediğini anladıysam ben düzenleyip ortaya bir sonuç çıkardım. Kendine göre düzenlersin.

<?php
header('Content-Type: text/html; charset=utf-8');
$veri = str_replace(array("\t","\n","\r"),null,file_get_contents("http://www.yeppudaa.com/showthread.php?t=6928"));
$veri = iconv('ISO-8859-9','utf-8',$veri);
preg_match_all('#<pre(.*?)</pre>#',$veri,$sonuclar);

$sonucList = array();
$bolum = 0;
foreach($sonuclar[1] as $item){
  $bolum++;
  preg_match_all('#<a href="(.*?)" target="_blank">(.*?)</a>#',$item,$linkler);
  $sonucList[$bolum] = $linkler[1];
}

foreach($sonucList as $item => $value){
  echo '<strong>'.$item.'.Bölüm'.'</strong>'.'<br>';
  echo '<ul>';
  foreach($value as $val){
    echo '<li><a href="'.$val.'">'.$val.'</a></li>';
  }
  echo '</ul>';
  echo '<hr>';
}
?>

Sonuçlar böyle:

preg_match_all('@<pre(.*?)<\/pre>@si',$veri,$baslik); @ yerine # kullanman gerekiyor

preg_match_all('#<pre(.*?)<\/pre>#si',$veri,$baslik);

ayrıca $baslik = $baslik[0]; bu 1 döndürür sadece
$baslik = $baslik[0][0]; şeklinde kullanman gerekiyor ya da
$baslik = $baslik[1][0]; ikisi de olur. [1][0] kullanırsan arama taglerini çıkarıp sonucu verir.