indexler googlede görünmesi normal.
Google önce bir yazıyı tarar daha sonra onu dizine ekler. Sitenizi kurduktan sonra 404.php dosyasını ana sayfaya yönlendirin. Böylelikle google üzerinde de 404 hatası oluşmaz.
Eski yedeğinizi yüklerken dikkatli olan. Veritabanında bi shell yer alıyor olabilir.