hocam şunları uygulayın

1) bilgisayarınızda virüs taraması yapın
2) ftp de joomlanın dosyaları dışında bir php dosyası upload edilmişmi? muhtemelen bu kaynak kodlarını düzenleyen bir php dosyası vardır.
3) virüs varsa virüsü temizleyip ftp şifrenizi değiştirin.
4) pc nizden giriş yapmadan farklı bir pc den ftp şifrenizi değiştirip kodları düzenleyip deneyin eğer sorun düzeliyorsa bilgisayarınızda virüs var. eğer düzelmiyorsa sorun devam ediyorsa ftp'de kaynak kodunuza müdahale eden bir php dosya yüklenmiş onu tespit etmelisiniz.