Bilindiği üzere update işlemleri her zaman sorunlu olmuştur. tablo yapını bilmiyorum fakat öncelikli olarak ben update işlemlerimde eğer sonuç dönmesini beklemiyorsam unbuffered kullanıyorum.

$pdo->setAttribute(PDO::MYSQL_ATTR_USE_BUFFERED_QUERY, false);