Merhabalar, geçen bende aynı problemi yaşadım.
.htaccess dosyasını (silmeden) adını değiştirin .htaccess2 diye
Site eğer açılırsa .htaccess içerisindeki bir satır neden oluyordur.

Bende hiç bir değişiklik yapmamıştım ancak böyle bir problemle karşılaştım ve .htaccess dosyasını yenileyince düzeldi. Sizinde benzer sorundan olabilir.