Teşekkürler ancak tam olarak ne yapacağımı kavrayamadım..
Derdimi biraz daha açık edeyim:
1. dizinde a.php şeklinde bir doyam var, içeriği:

include ('theme/menu.php');

şeklinde.

Theme klasöründe (1. dizinin alt dizininde) b.php diye bir doyanın içeriği de şu:

include ('menu.php');

Menu.php ise b.php ile aynı dizinde içeriği ise şöyle:

<ul id="menu-bar">

 <li><a href="../create.php">Create</a>
 </li>
 <li><a href="../edit.php">Edit</a> </li>

	</li></ul>

menu.php include edildiğinde çağrıldığı yerden çalıştığından içeriğinde linkler bir üst dizini işaret etmekle beraber b.php başarılı çalışırken a.php de menü bir üst dizini işarat ediyor, dolayısıyla çalışmıyor.