Bende benzer sorunla karşılaşmıştım. Header doğruydu ve Phpmyadmin'dede utf-8 seçiliydi fakat yinede Türkçe karakterler çıkmıyordu. Ne varki aşağıdaki kodla çözmüştüm arayıp buldum.

1-Add below variables in my.cnf which is in the /etc/mysql directory.

 
[mysqld]
init_connect='SET collation_connection = utf8_unicode_ci'
init_connect='SET NAMES utf8'
character-set-server=utf8
collation-server=utf8_unicode_ci
skip-character-set-client-handshake

2-Restart the MySQL

sudo /etc/init.d/mysql stop
sudo /etc/init.d/mysql start