Yaklaşık 3 yıldır kullanıyorum. Aktif olan ve olmayan 30un üzerinde farklı kurum mail hesabım var. 2012 tarihli aktarılmış maillerim ve 2013 sonrası direkt altyapıya gelen tüm maillerim kayıp olmadan duruyor. Kurumları açmak için kullandığım klasik yandex mail hesaplarında da 1 yıldır pasif olmalarına rağmen 2014 tarihli mailler var. Yani silinmiyor. Ama kulandığınz bir istemci varsa ve POP3 ayarlıysa o siliyor olabilir. Eğer gelen kutusunda 1000+ mail varsa otomatik olarak arşiv klasörü ortaya çıkıyor ve ayarlarda arşivle işaretliyse bu klasöre taşınıyor.

Bahsettiğiniz doğrulama sürecindeki inaktiflik durumuna düşme (mx kayıtlarının okunamaması) ise evet 30 gün kadar bir süre vardı, ben olayı yanlış anlamış olurum kusura bakmayın.
-----

Konudaki soruya gelirsek hesabı silmediğiniz ve uzun süreli inaktif duruma düşmediğiniz sürece mailler kaybolmaz. En mantıklı yol Yandex.DNS sistemine geçip host değiştiğinde DNS kayıtlarından @ yönlendirmesini yapmak. Böylece mail sistemi ne olursa olsun durmaz, ve sunucu ekstra DNS sorgusuyla yorulmaz. Taşınam süreci ne kadar sürerse sürsün müşteri mail sistemini kullanabilir.