selam @Flexible
Webmaster search console üzerinden URL kaldır alanından ana dizini eklemeniz yeterli olacaktır. Kısa bir süre sonra kaldırıldığını göreceksiniz.
Sitenizi tekrar dizine eklemek istediğiniz ise, URL kaldırı iptal edebilir veya tekrar ekleyebilirsiniz. Bu süreç içerisinde sitemap.xml ide tekrar göndermeyi unutmayınız.
Bol şanslar.