DELETE FROM wp_terms wt
INNER JOIN wp_term_taxonomy wtt ON wt.term_id = wtt.term_id WHERE wtt.taxonomy = 'post_tag' AND wtt.count = 0;
Bu sorguyu phpmyadmin'den çalıştırman yeterli. Ama önce veritabanı yedeği al ve mutlaka "wp" önekini kendi veritabanına göre değiştir (eğer wordpress kurarken wp tablo ekini değiştirdiysen).
Phpmyadmin SQL sorgusundan yapılmalı.