<?php 

    for($i=1; $i<=5; $i++){
        for($j=1; $j<=100000; $j++){
            file_put_contents("test/$i.txt", rand(100,999) . PHP_EOL, FILE_APPEND);
        }
    }

<?php

    // [0-9].txt başlangıç dosyası (1.txt)
    $fFirst = 1;

	// [0-9].txt sayısını belirler (1.txt, 2.txt, 3.txt..)
	$fCount = 5;

    // Dosyalar hangi dizinde ?
    $d = "./test";

    // Çıktı dosyasının adı
    $fOutput = $d . DIRECTORY_SEPARATOR . "cikti.txt";

    if(!file_exists($d)){
        exit("Dizin bulunamadi!");
    }

    $afHandle = array();
    for($i = 1; $i<=$fCount; $i++){
        $p = $d . DIRECTORY_SEPARATOR . $i . ".txt";

        if(file_exists($p)) {
            $afHandle[$i] = fopen($p, "r");

            if(!$afHandle[$i]) {
                exit("$i.txt dosyasi acilamadi!");
            }
        }
    }

    while(!feof($afHandle[$fFirst])){
        for($i = 1; $i<=$fCount; $i++){
            file_put_contents($fOutput, rtrim(fgets($afHandle[$i])), FILE_APPEND); // Memory <3
        }

        file_put_contents($fOutput, PHP_EOL, FILE_APPEND);
        usleep(50); // CPU <3
    }

    exit("OK");

5 adet 100k satır içeren test dosyası oluşturdum ardından tüm dosyaların satırlarını birleştirdim, %1 işlemci kullanımı ve sabit memory kullanımı ile işlem tamamlandı.