Merhaba,
1.) Sisteminiz mysql üzerinden çalışıyorsa tabiki. SSD disk üzerinde çalışması daha iyi olacaktır.
2)Panel yerine linux sunucu üzerine mysql+phpmyadmin kurmanız daha sağlıklı olur
Çok mantıklı söylüyorsunuz, lakin Web sunucusu ile mysql sunucusunun aynı network üzerinden local olarak switch üzerinden bağlanması gerekir. Diğer türlü internet ve trafik şişecektir.