My.cnf için kullanıcı bazlı seçenek sistemi olması pek mümkün değil, çünkü mysql her kullanıcının özel ayar yapabilmesi için uygun bir ortam değil. Kontrol ettiğimde evet 3 dosya var fakat bunlar farklı versiyonların yedek my.cnf ları sanırım, şu an aktif olan cnf, her zaman gibi /etc/my.cnf, diğerlerinin işlevi yok diye tahmin ediyorum.

Bunun dışında evet easyapache 4 ün en iyi özelliği multi php desteği olması, tam anlamıyla stabil hale gelirse güzel olacaktır.

Ben entegre nginx desteği bekliyordum ama yapmamışlar, php-fpm desteği var fakat default olarak kullanılamıyor, özel yapılandırma istiyor, koyduk ama kullanmayın bence birşeye benzetemedik diyorlar çaktırmadan.