Pek bir fark yok, ikiside apache arkasında proxy olarak çalışan ve ağırlıklı olarak statik içerikleri kendi üzerinden işleyen bir yapı. Farklılık genelde performans taraflı değilde iç otomasyon taraflı oluyor, cpnginx ücretli olduğu için yazılım daha sağlıklı çalışıyor, vhost hataları gibi sorunlar olmuyor. nginxcp nin geliştirilmesi uzun süredir yapılmıyor zaten ücretsiz olduğu için pek sağlıklı bir yapısı yok.

engintron var birde, onunda altyapısı güzel, yazılımcıları iyi ve yardımsever, github üzerinden sorun yaşadığınızda yazabiliyorsunuz. Şu an ki sürümler easyapache 4 ile entegre değil, cpanel bile easyapache 4 ü 1 seneden fazla zamanda stabil hale getirdi (hala stabil değil ya neyse) o yüzden bu tür 3.parti uygulamaların entegresi için biraz daha beklemek gerekecek.