Bu filtre ekleme olayında, sanıyorum sıra karmaşası olmuş olabilir.

User proyu hiç kullanmadığım için bilemeyeceğim ama, şunu denermisiniz ?

en son satırı şunları tek tek deneyerek sonuca bakabilirsiniz.

add_filter( 'wp_nav_menu_args', 'my_wp_nav_menu_args',0 );
add_filter( 'wp_nav_menu_args', 'my_wp_nav_menu_args',999 );