Merhaba;

Sitenizi google webmaster kaydı yapıp google gibi tara diyerek taratınız çıkan sayfalarda hangileri virüslü ise size uyarı verecektir.Joomla kullanıyorsunuz sanırım configuration.php dosyanızı kontrol edin ek olarak tüm ftp dosyalarınızı bilgisayarınıza indirip antivirüs ile taratınız.Ayrıca ftp de exe dosyalarınız var ise silip bu işlemleri yaptıktan sonra tekrar webmaster kısmından taratınız.