Merhaba.

Çok fantastik mi? Değil. Bunu yapmanın en mantıklı ve efektif yolu bu mu? Muhtemelen değil. Yapılabilir mi? Kesinlikle.

Nasıl yapabileceğine gelince, bir alt klasöre ya da alt alan adına (subdomain) ikinci bir WordPress'i ve WooCommerce'i kur. Bu yeni WordPress'e, ilk sitenin kullandığı veritabanını kullanmasını söyle fakat tablo öneki olarak ana sitedekinden farklı bir önek kullan (örneğin "woo_"). Aşağıdaki kodları WooCommerce'li, alt alan adında yer alan WordPress kurulumunun wp-config.php dosyasına ekle.

/**
  * Kullanıcı tablosu olarak yeni bir tablo değil, ana sitedeki kullanıcı tablolarını kullan
  * Ana sitenin tablo öneki wp_ değilse değiştirmeyi unutma.
  */
define('CUSTOM_USER_TABLE', 'wp_users');
define('CUSTOM_USERMETA_TABLE', 'wp_usermeta');

/**
  * İkincil sitede çerezlerle ilgili sıkıntı çıkmaması adına ana domain'i kullan
  */
define('COOKIE_DOMAIN', '.website.com'); // Ana sitenin url'si
define('COOKIEPATH', '/');

Bu şekilde olur diye tahmin ediyorum. Ama ve lakin en başta da belirttiğim gibi dediğin şeyi yapmanın en etkili yolu bu değil, muhtemelen kullandığın temayı WooCommerce uyumlu hale getirmektir.