en çok CPU kullanımı mysql gözüküyor. Mysql yavaş çalışan sorgular olabilir. Tespit için aşağıdaki lnik üzerinde belirtilen ayarlamayı yapıp mysql yavaş çalışan sorguları tespi edebilirsiniz.

http://serverfault.com/questions/536...-log-not-exist

Birde apache status ile gelen istekleri kontrol etmenizi öneriyorum. Apache'de CPU kullanımı yüksek gözüküyor.