Evet mevcut apache üzerine nginx kurabilirsiniz. kurulumdan sonra nginx yapılandırmasını yapıp aktif edebilirsin. sorun olursa apache tekrardan aktif edersin siten eskisi gibi çalışır.

ayrıca çok ihtiyacınız yoksa panel kurmak yerine herşeyi manuel olarak halletmeniz fazladan kaynak tüketimini engelleyecektir tabi mevcut sunucunuzun özellikleri nedir bilmiyorum sadece bir öneri

kurulum detaylarına girmiyorum bir çok anlatım mevcut kolay gelsin.

Not:Her ihtimale karşı yedek almayı unutmayın.