kalıcı bağlantıları ayarladı iseniz .htaccess kullanıyorsunuz demektir. Zaten bu dosyayı oluşturmazsanız 404 hatası alırsınız.

Bence dizine boş bir .htaccess dosyası atın. Sonradan da kalıcı bağlantılar sayfasına gelip, mevcut kaydı yenileyin. Cache eklentisi kullanıyorsanız, temizleyin. Sonra da yeniden sayfaları açmayı deneyin.