sFTP den root olarak mı bağlanıyorsunuz sunucunuza? Ufak bir bilgi vermek isterim;
root olarak bağlandığınızda "Grup" ve "Sahibi" alanları root olarak işaretleniyor değişiklik yaptığınız veya ftp ye attığınız dosya / klasörlerde. O internet sitenin kullanıcısını seçip alt klasör ve dosyalara da uygularsanız sıkıntı ortadan kalkıyor.

Bu arada, wp-content ve altındaki tüm klasörlere yazma izni vermeniz gerekiyor, vermezseniz doğal olarak yazamayacaktır.