sizin de dediğiniz gibi mysql insert işlemi sırasında tabloyu düzen altında tutmak için lock altına alır. verdiğiniz veritabanı boyutu çok önemli değil ama sunucu özelliklerini düşündüğümde her defasında 50-100 arasında kayıt girildiğini tahmin ediyorum. çözümünüz : transaction