Webmaster Tools üzerinde 404 hatası veren linklere tıkladığınızda yönlendirmesi yapılıyor mu?
Yönlendirme yapılmıyorsa, htaccess dosyasında bir kaç deneme yaparak yönlendirilip yönlendirimlediğini kontrol edin.

Yönlendirmesi düzgün olan linklerinizi wmt > tarama hataları kısmından "düzeltildi" olarak işaretleyin. Bir daha hata olarak karşınıza çıkmayacaktır.