https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ff649818.aspx
Burada önemli olan sizin uygulamanızın installer edilebilmesi için yetkilendirmelerin ve çalıştırma türünün doğru seçilmiş olması gerekmektedir. Vermiş olduğum link daha çok WCF üzerine ama içerisinde Windows Service nasıl kurulur onu anlattığı için dikkate aldım.

Uzak destek ile yardımcı olayım size isterseniz eğer ammy kullanıyorsanız.