http://rextester.com/YVB50107
Buyrun, yazdığınız kodda ufak değişiklik ile istediğiniz kod bu şekilde olacaktır.
Beyaz sayılar birbirinin aynı olmayacağı gibi, herhangi bir beyaz top kırmızı top ile aynı sayıda olabilir.

Hocanızın istediği şekilde yazılmıştır. Kodlar aşağıdadır. Kolay gelsin...

 int kirmizi = 0, b1 = 0, b2 = 0, b3 = 0, b4 = 0, b5 = 0;
            int[] sayilar = new int[6];
          
                Random r = new Random();
                int rastgele;
                int sayac = 0; // Sayacı sıfırlıyoruz..
                while (sayac < 6)
                {
                    rastgele = r.Next(1, 50); // 1 ile 49 arasında rastgele sayı üretiliyor..
                    if (Array.IndexOf(sayilar, rastgele) == -1)  // Dizinin içinde var mı yok mu kontrol ediyoruz..
                    {
                        if(sayac == 0)
                        {
                            kirmizi = rastgele;
                        }
                        else if (sayac == 1)
                        {
                            b1 = rastgele;
                        }
                        else if (sayac == 2)
                        {
                            b2 = rastgele;
                        }
                        else if (sayac == 3)
                        {
                            b3 = rastgele;
                        }
                        else if (sayac == 4)
                        {
                            b4 = rastgele;
                        }
                        else b5 = rastgele;
                        
                        if (sayac == 0 && rastgele > 42)
                        {
                            //Kırmızı top 1-42 arasında olacak 42 den büyükse tekrar çekilecek...
                        } else {
                            if (sayac != 0) { sayilar[sayac] = rastgele; }
                            sayac++; // Sayacı bir arttırıyoruz..                        
                        }
                    }
                }

                
                Console.WriteLine("1. Beyaz Top: " + b1);
                Console.WriteLine("2. Beyaz Top: " + b2);
                Console.WriteLine("3. Beyaz Top: " + b3);
                Console.WriteLine("4. Beyaz Top: " + b4);
                Console.WriteLine("5. Beyaz Top: " + b5);
                Console.WriteLine("Kırmızı Top: " + kirmizi);
                Console.ReadKey();