Öncelikle sitenizin ftp ve veritabanı olarak yedeğinizi alın.
Yeni whmcs dosyalarını mevcut dosyaların üzerine atın. (Eğer özel düzenlemeniz falan yoksa mevcut whmcs dosyalarını tamamen silin ve sadece yenileri atın daha sağlıklı olur)
www.site.com/whmcs/install.php şeklinde erişip güncellemenizi yapın. İşlem bu kadar.