Önce bir javascript kodun için fonksiyon oluştur, misal şu şekilde

<?php
function javas($id){ //while içindeki dive gelecek id...
?>
<script>
$('#<?php echo $id?>')....//Javascript kodun
</script>
<?php
}
?>

Bunu bitirdikten sonra while içinde bu fonksiyonu herbirine ayrı id verdiğin divin altına atayacaksın...

<?php
$i=0;
while(){
$divid = $i.'sallabirsey';
?>
<div id='<?php $divid?>'></div>
<?php
javas($divid);
$i++;

}
?>

En kestirme yol budur bu id'nin yanına bilgisini güncelleyeceğin datanın idsini falan da ekleyebilirsin, function içinde çağırabilirsin, burada sadece yol tarifini verdim...