Merhabalar,

Dediğiniz gibi sorun yaşarsınız,sorunu düzeltmek için;

Örnek olarak style.js dosyasını,js klasörü içinden direk kök dizine aktardınız bunu yaptıktan sonra tüm html sayfalarınızda (örnek olarak index.html) düzenleme yaparak js/style.js yerine style.js olarak düzenlemeniz gerekmekte.
Yani daha basit açıklayacak olursak ;
kök dizinde ornek.js dosyanız var ve bunu js klasörüne taşımak istiyorsunuz,js dosyasını js klasörüne taşıdıktan sonra;index.html dosyasını düzenleyip kodlar içerisinde "ornek.js" yi bulup "js/ornek.js" olarak değiştirmeniz gerekiyor.