Güvenlik konusu dil ile alakalı değil yazılımcıyla alakalıdır. İyi derecede PHP bilen bir yazılımcı açık bırakmazken, acemi bir .Net yazılımcısı sql injection açığı bile bırakabilir. Tam tersi de olabilir.

İş ilanlarında bahsettiğiniz dilin önde olmasının sebebi windows'un bütün dünyada işletim sistemi piyasasına hakim olmasından kaynaklı.

Yani; bir yerleşik uygulama yapacaksanız, müşteri veya kullanıcı kitlenizin kullandığı işletim sistemine göre bir yazılım geliştirmeniz gerekiyor. Türkiye'de İstatistiğini tam olarak bilmiyorum ama bilgisayarların %80'inden fazlasında windows kurulu olduğunu tahmin ediyorum. Dolayısıyla uygulama geliştirenler windows dilini tercih etmekte.

Güvenlikten kastınızın tam olarak ne olduğunu anlamadım.

Ayrıca PHP bir dil, .Net ile bildiğim kadarıyla bir framework (çatı). Elma ile armut kıyası yapmak gibi olmuş. .Net ile Laravel, PhalconPHP gibi çatıları kıyaslamak daha mantıklı olabilir.

PHP'de Ioncube var bkz: http://www.ioncube.com/ daha önce hiç denemedim.