bence 1 sitenizi başka bir hosta taşımayı terhic edin sorununuz çözülürse hosting saldırı altındadır muhtemelen..

log bakma şansınız yokmu?
var ise hangi dosyaya saat kaçta erişim olduğu sunucudan kaynaklı olarak nasıl girdiği anlaşılır belki.. mod_security açıkmı kapalımı?