Aynı anda 1000 üzeri user'e mi yollamıyor?
Yoksa günlük limitleme mi 1000?
Tahminimce anlık 1000 üzeri user'e yollamıyor.
O halde php de sayfalama yapar gibi kayıtları 1000'er 1000'er çekip gcm'e 1sn periyodlar ile gönderebilirsin.