Botun site ile aynı ip üzerinde çalıştığından emin misiniz zannederim değilsiniz çünkü emin olsanız sitenin ip'sini bulmak yerine direk bulduğunuz ip'yi engellerdirdiniz. htaccess 'den deny komutu ile ip'yi de engellersin olur biter tabi bot proxy kullanmıyor ise...

ip'yide loglardan bulursun bot ise muhtemelen cronjob (ipler sürekli erişim yapıyordur) ile çalışıyordur dolayısıyla bir programla ipleri tespit edip sayılarınıda görebilirsin loglardan sonra engel durumu ama işin içinde proxy'i var ise bot tespiti ile tara engel bas yöntemiyle bu iş bir yere kadar sürer sonunda pes eder. En basitinden budur diğer türlü bot tespiti yapan kodların devreye girmesi vs vs karışık işlere gider.