konu eski ama çözümü paylaşayım belki aynı sorunu yaşayan arkadaşlara yardımcı olur.

Mysql servisini durdurun.
problem olma ihtimaline karşı mysql/data dizinini yedekleyin.
Bu dizinde otomatik oluşturulan dosyaları(klasör veya veritabanlarını değil. Sadece dosyaları) silin.
elinizdeki ibdata1 dosyasını bu dizine kopyalayın.
Mysql' i yeniden başlatın.

.ibd tablolarınızın field ve datalarına otomatik erişilebilecektir.