Size tavsiyem href'lere dinamik link kullanmanız.Atıyorum panelinize veya ayar dosyanızdan $link_yapısı şeklinde değişken çekin.
Eğer 1 ise ;
"site/param1/param2/" şeklinde href'lere link verin.
Eğer 2 ise ;
"site/index.com?par1=deger&par2=deger" şeklinde href'lere link verin.
Böylece htaccess dosyanızı değiştirdiğiniz zaman tüm sayfaların linklerini düzenlemek zorunda kalmazsınız.