uzun zamandır wordpress'ten uzağım, şimdi son sürümü indirip bi baktım ama denemedim. isterseniz bi deneyin.

canonical.php 383.satır:

// trailing /index.php
$redirect['path'] = preg_replace('|/' . preg_quote( $wp_rewrite->index, '|' ) . '/*?$|', '/', $redirect['path']);

bununla değiştir:

// trailing /index.php 
$redirect['path'] = preg_replace('|/index.php/$|', '/', $redirect['path']);