sable şöyle demek istemiş galiba :

3. bir tablo daha yaparsın. adı kategori_makale olsun, içinde id, kategori_id ve makale_id sütunları olsun.

diyelim ki;
makale_1'in id si 99
Kategori_1'in id si 20
Kategori_2'nin id si 30

o zaman kategori_makale tablonda iki satır olur :

id | kategori_id | makale_id
1 | 20 | 99
2 | 30 | 99