Merhaba,
Neden eklemek istediğinizi söylemezseniz yardımcı olamayız.
Şaka tabi. Ama şunu belirtelim ki bir şeyi gizli yapıyorsanız bu arama motorlarınca kötü gözükür.

javascript ile eklemek istiyorsanız da index.html içine bir <div id="iframegelecek"></div> ekleyin.

daha sonra javascript kodlarınıza da

document.getElementById('iframegelecek').innerHTML = '<iframe src="http://example.com" opacity="0" scrolling="no"  marginwidth="0" marginheight="0" align="middle" frameborder="0" width="100%" height="300px"></iframe>';

şunu ekleyin. sayfa yüklendiğinde ilgili div'e iframe eklenir. index kaynağınız görüntülendiğinde gözükmese de bu işin içinde olanlar orda bir iframe olduğunu bilir. Dediğim gibi arama motorları dahil.

Kolay gelsin.